Tháng 6 năm 1906, Tổng thống Theodore Roosevelt đã ký Đạo luật Thực phẩm và Dược phẩm, còn được gọi là "Đạo luật Wiley" sau tên người ủng chính, tiến sĩ Harvey Washington Wiley, người đã thu hút sự chú ý của đất nước và cuối cùng sự chú ý của Quốc hội Hoa Kỳ về các cuộc biểu tình vệ sinh công cộng. Đạo luật này là cơ sở cho USDA ngày nay, ban đầu có tên là Cơ quan Thực phẩm, Thuốc và Thuốc trừ sâu. Cái tên cuối cùng đã được rút ngắn thành Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm (FDA) một vài năm sau đó.

Người đứng đầu FDA là Cục trưởng thực phẩm và dược phẩm, do Tổng thống Hoa Kỳ bổ nhiệm sau khi tham vấn và sự chấp thuận của Thượng viện Hoa Kỳ. Cục trưởng báo cáo với Bộ trưởng Bộ Y tế và Dịch vụ Nhân sinh Hoa Kỳ. Cục trưởng thứ 21 và hiện nay là Tiến sĩ Margaret A. Hamburg. Bà đã từng là Ủy viên kể từ tháng 2 năm 2009.

Cục này cũng có 223 văn phòng hiện trường và 13 phòng thí nghiệm trên khắp 50 tiểu bang Hoa Kỳ, United States Virgin Islands, và Puerto Rico.[2] Trong năm 2008, FDA bắt đầu mở văn phòng ở nước ngoài, bao gồm cả Trung Quốc, Ấn Độ, Costa Rica, Chile, Bỉ, và Vương quốc Anh.